måndag 28 september 2015

EXTRASELLULAARINEN MATRIX on kompleksinen verkosto erilaisin kombinaatioin osallistuvia kollageeneja, proteoglykaaneja (PG), hyaluronihappoa, laminiinia, fibronektiiniä ja monia muita glykoproteiineja (gp) sekä proteolyyttisiä entsyymejä, joiden tehtävänä on hajoittaa ja uudismuokata extrasellulaarista matrixia. Nämä viimeksimainitut ovat metalloproteinaaseja ja niiden estäjästä TIMP on juuri edellä kerrottu.

EXTRASELLULAARINEN MATRIX sijaitsee siinä tilavuudessa, mikä on solujen välissä. Monet extrasellulaarisen matrixin komponentit ovat liittyneet sytoskeletoniin ( solun tukirankaan) sellaisten proteiinien välityksellä, joitten rakenteessa on solukalvon läpäisevä, transmembraaninen osa (TM- jakso).

EXTRASELLULAARINEN MATRIX on enemmän kuin vain telinerakennelma, joka täyttää soluvälitilaa. Moni sen komponenteista työkseen osallistuu sellaisiin prosesseihin, jotka välittävät solujen keskeistä vuorovaikutusta.

Intakti, hyvässä kunnossa pysyvä, vaurioitumaton EXTRASELLULAARINEN MATRIX on monessa tapauksessa edellytyksenä solun kyvylle proliferoitua, erilaistua ja ilmentää erikoisfunktiota ( Esimerkkinä hematopoiesis, verisolujen muodostus).

EXTRASELLULAARISEN MATRIXIN eräät komponentit, varsinkin proteoglykaanit (PG), toimivat kasvutekijöiden biologisen aktiivisuuden modulaattoreina.

EXTRASELLULAARISEN miljöön kokoomuksen järjestäytyminen ja fysikaaliset ominaisuudet ovat myös välttämättömiä suonen sisäpinnan endoteelin solunfunktioille angiogeneesiprosessissa ( kts. Angiogeneesin faktorit)

Proteoglykaanit (PG) ovat glykosaminoglykaaneilla (GAG) modifioituja proteiineja . Glykosaminoglykaanit (GAG) ovat pitkäketjuisia yhdisteitä, joissa on toistuvia disakkaridiyksiköitä. Niitä on neljä päätyyppiä: hepariinisulfaattia (hepariini), kondroitiinisulfaattia (dermataani), kerataanisulfaattia ja sulfaattia sisältämätöntä glykosaminoglykaania, hyaluronihappoa. Moni proteoglykaani sisältää ydinrakenteessa proteiinin, joka linkkii niitä solukalvoon. Hyaluronihappo on ainoa extrasellulaarinen oligosakkaridi, joka ei ole liittynyt kovalentisti proteiiniin

Glykosaminoglykaanit (GAG) ovat negatiivisesti varautuneita yhdisteitä ja sen takia ne sitoutuvat epäspesifisesti moniin aineisiin kuten kasvutekijöihin. Eräät proteiinit tekevät interaktioita erityisesti glykosaminoglykaanien (GAG) kanssa. Solujen välisen kommunikaation yhtenä tärkeänä taustamekanismina on glykosaminoglykaanien (GAG) ja sytokiinien keskinäiset vaikutukset, interaktiot, joita välittää erittyneet ja paikallisesti vaikuttavat tekijät.

Vielä 1995 ei osattu sanoa, millä mekanismilla kasvutekijät tunnistavat glykosaminoglykaaneja (GAG). Arveltiin, että tähän tarvitaan alfa-helix-muotoisen positiivisen varauksen omaava proteiinidomeeni, joka toimii saman kaltaisesti kuten hepariinia sitovat kohdat. ( Kts. myös HBGF, heparin- binding growth factor).

Heparaanisulfaattiproteoglykaani (HSPG), erityisesti syndekaani, sitoutuu bFGF kasvutekijään matalalla affiniteetilla ja estää tämän tekijän hajoittumisen. Samalla tämä luo matrixiin ja solupintaan liittyvän reservoaarin (varaston tätä kasvutekijää ), josta tekijää voi vapautua joko hepariinilla tai entsyymeillä, jotka ovat erityisesti heparaanisulfaattiin kohdistuvia ( heparanaasit).

Plasmiini voi vapauttaa matrixiin sitoutunutta bFGF tekijää ei-kovalenttina heparaanisulfaattikompleksina tai GAG -kompleksina. Osa solupinnan HSPG:stä on ankkuroituneena kovalentisti linkkiytyneen GPI-tähteen avulla ja voidaan vapauttaa käsittelemällä spesifisellä fosfolipaasilla C (PLC). Jokin fraktio liittynyttä bFGF tekijää vapautuu myös sillä käsittelyllä.

Sen plasminogeenin, jota esiintyy EXTRASELLULAARISESSA MATRIXISSA, arvellaan osallistuvan TGF-beta:n latenttien muotojen aktivoimiseen.

Samalla tavalla kuin HSPG tai heparaani kiinnittyvät MATRIXIIN , niin siihen voi kiinnittyä muitakin tekijöitä kuten GM-CSF (granulosyytti-makrofagikolonisaatioita stimuloiva tekijä), IL3 (interleukiini3), kantasolun inhibiittori SCI, LIF (valkosolumigraatiota estävä tekijä) , IFN-gamma (interferoni gamma), PF4 (verihiutaletekijä 4) ja AR, amfireguliini. On osoitettu,, että TGF-beta sitoutuu proteoglykaani betaan (PG beta) ja dekoriiniin.

bFGF - ja myös VEGF- kasvutekijöistä on osoitettu, että ne sitoutuvat spesifisiin (korkean aff.) solupintareseptoreihinsa vain jos ne ovat liittyneenä vapaaseen HSPG:hen tai EXTRASELLULAARIMATRIXIIN sitoutuneeseen heparaanisulfaattiproteoglykaaniin tai muihun hepariinin kaltaisiin komponentteihin.

(VEGF on vaskulaarinen endoteliaalinen solun kasvutekijä, verisuonen sisäpinnan kasvutekijä).

MATRIXIIN-sitoutuneitten tekijöitten ilmentäminen saattaa olla yhtenä mekanismina, jolla jotkut tekijät tekevät interaktionsa toisen lähellä olevan solun reseptoreihin. Tämä saa rakentumaan tehokkaita solu-solu-kontakteja ja saattaa myös aiheuttaa viereisissä soluissa biologisia aktiviteettejä.

Kirjastopäivä. saan lisätietoa TIMP- entsyymeistä vuoden 1995 kirjasta

Kirjastossa oli poistokirjojen myyntipäivä viimeviikolla ja havaitsin joukossa sytokiineista paksun opuksen vanhalta ajalta 1995.

Horst Ibelgaufts. Dictionary of Cytokines. VCH, 1995. Weinheim. Germany. New York. Basel. Cambridge. Tokyo.ISBN 3-5277-30042-2.
Sivuja on 777.
Asiat on ryhmitelty sisällysluetelon mukaan täten:
How tu use this dictionnary, XV
Abbreviation,s XVI
Amino acids one and three letter codes, XVI
Journal citation,s XVII
Introduction, XIX
Entries with number prefixes , 1
A-Z, 12- 761
Addendum, 762.

Mitä löydän sellaista, mikä koskee matrixmetalloproteiineja?

TIMP, tissue inhibitor of metalloproteases.(Sitaatti engl. ss 705-706)

Metalloproteinases of the extracellular matrix ( See: ECM). are a family of secreted proteolytic enzymes that are involved in the biosynthesis of connective tissue.
The synthesis and secretion of matrix metalloproteinases (MMPs) is induced in various cell types by a number of cytokines including EGF, PDGF, IL1, IL8, IL1beta, TNFalfa and bFGF.
Metallloproteinases degrade constituents of the basal membrane and the extracellular matrix, including collagens, proteoglycans, gelatin, fibronectin, laminin, and elastin, under physiological and pathological conditions. The activities of these enzymes also facilitate the invasive migration of cells.

The biological activities of the proteases is subject to a complex regulation also involving specific inhibitors, called TIMP (tissue inhibitor of metalloproteinases). Many proforms of these metalloproteinases form complexes with these inhibitors. TIMP is a major regulator of extracellular matrix synthesis and degradation.
The two inhibitors are called TIMP-1 and TIMP-2. TIMP-1 is a protein of 28 kDa, TIMP-2 of 21 kDa. TIMP-1 and TIMP--2 exhibit and overall similarity of 71% at the protein level
TIMP-1 is also the same as HCI, human collagenase inhibitor.

The murine 3/10 gene is the homologue of human TIMP-2.
mTIMP ja hTIMP2 display 96% homology at protein level. Homology between mTIMP1 and mTIMP2 is 42%. TIMP-1 gene lies within intron 6 (out of 13) of the X-linked synapsin 1(synapsin 1) gene in both man (Xp11.1-p11.4) and mouse. It is transcribed in the opposite direction to the SYN1 gene in the mouse.

The disruption of the TIMP-1 gene in a pluripotent embryonic stem cells increase the invasive properties of these cells in an in vitro assay. The introduction of TIMP-1 gene into invasively growing melanoma cells (B16-F10) leads to the overproduction of this inhibitor and suppresses invasive growth. Apart from their biological activities as inhibitors of metalloproteinases TIMP-1 and TIMP-2 also function as growth factors for many human and murine cell types.

TIMP-2 inhibits the activities of transin, matrin (pump-1), 72kDa gelatinase/type IV collagenase (MMP-2), matrix metalloproteinase), and interstitial colalgenase. TIMP-2 regulates not only the activity of the mature enzyme but also the autolytic processing of the proenzyme. TIMP-2 has recently ( = 1995) been found to be secreted by mouse folliculo-stellate cell. It acts as a cell survival factor for endocrine cells in the anterior pituitary gland.

Both inhibitors also influence the capacity of erythroid progenitor cells to grow as colonies in soft agar (See also: Colony formation assay).

TIMPs are identical with EPA ( erythroid promoting activity)

(Olipas tässä vanhassa uutta, sano)

Huomaan myös että suomalainen Alitalo R et al. on referensseissä mukana artikkelilla:

Metalloproteinases and jun/fos transcription factor complex characterize tumor promoting-induced megakaryoblastic differentiation of K562 leukemnia cells. Blood 75: 1974-82 (1990)

Kun tästä lähden etsimään missä on uusimpia R Alitalo et al. ryhmän tekstejä päädyn mm tähän:

Vuonna 2008 on Springer Science kirja olemassa:
CANCER DEGRADOME. Proteases and Cancer Biology.

Siis TIMP on hahmotettu tässä syövän degradomissakin, joka on lähisuhteissa rheologisen alueen kaskadiin ( plasmiinijohdannaislinkin kautta) ja ylläolevasta näkyy,myös itseensä hematopoieesiin ( bifunktionaalisesti vaikuttaen hematopoieesin mikromiljööseen) -- matrixin muuttumissäätelyn lisäksi.

Nämä hematopoieesivaikutukset täytyy ottaa erikseen Kirjan sivulla 706 on lähteitä.

TIMP-3

TIMP-3 mainitaan vuoden 1995 kirjan liitteessä. Se liitettiin TIMP-perheeseen vuodesta 1994. Silbiger SM et al. olivat juuri silloin saaneet kloonatuksi ihmisen TIMP-3. Sen edeltäjäproteiini sisältää 12 Cys ja 27 muuta aminohappoa, jotka ovat muuttumattomia TIMP- perheessä. TIMP-3:n oletettu aminohapposekvenssi 89%, 39% ja 46%:ssa identtinen ChIMP-3, ihmisen TIMP-1 ja ihmisen TIMP-2:n vastaavan sekvenssin kanssa.

onsdag 27 maj 2015

ISBT 023 , MMPs reseptori CD44 on Indian veriryhmän antigeenin kantajamolekyyli.

CD44

From Wikipedia, the free encyclopedia

(Redirected from CSPG8)

Jump to: navigation, search

edit

CD44 molecule (Indian blood group)

PDB rendering based on 1poz.

[show]Available structures
PDB	1poz, 1uuh, 2i83

Identifiers

Symbols

CD44; CDW44; CSPG8; ECMR-III; HCELL; IN; LHR; MC56; MDU2; MDU3; MGC10468; MIC4; MUTCH-I; Pgp1

External IDs

OMIM: 107269 MGI: 88338 HomoloGene: 508 GeneCards: CD44 Gene

[show]Gene Ontology
Molecular function	• molecular_function • receptor activity • collagen binding • hyaluronic acid binding
Cellular component	• cellular_component • integral to plasma membrane • external side of plasma membrane • membrane
Biological process	• ureteric bud branching • cell adhesion • cell-matrix adhesion • cell-cell adhesion
Sources: Amigo / QuickGO

RNA expression pattern

More reference expression data

Orthologs

Species

Human

Mouse

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Location (UCSC)

Chr 11:
35.12 - 35.21 Mb

Chr 2:
102.61 - 102.7 Mb

PubMed search

[1]

[2]

The CD44 antigen is a cell-surface glycoprotein involved in cell-cell interactions, cell adhesion and migration. In humans, the CD44 antigen is encoded by the CD44 gene.^[1]

[hide]

Tissue distribution and isoforms

CD44 is expressed in a large number of mammalian cell types. The standard isoform, designated CD44s, comprising exons 1–5 and 16–20 is expressed in most cell types. CD44 splice variants containing variable exons are designated CD44v. Some epithelial cells also express a larger isoform (CD44E), which includes exons v8–10.^[2]

Function

CD44 is a receptor for hyaluronic acid and can also interact with other ligands, such as osteopontin, collagens, and matrix metalloproteinases (MMPs). CD44 function is controlled by its posttranslational modifications. One critical modification involves discrete sialofucosylations rendering the selectin-binding glycoform of CD44 called HCELL (for Hematopoietic Cell E-selectin/L-selectin Ligand). The HCELL glycoform was originally discovered on human hematopoietic stem cells and leukemic blasts,^[3]^[4]^[5]^[6] and was subsequently identified on cancer cells.^[7]^[8]^[9]^[10]^[11] HCELL functions as a "bone homing receptor", directing migration of human hematopoietic stem cells and mesenchymal stem cells to bone marrow.^[5] Ex vivo glycan engineering of the surface of live cells has been used to enforce HCELL expression on any cell that expresses CD44.^[12] CD44 glycosylation also directly controls its binding capacity to fibrin and immobilized fibrinogen.^[13]^[14]
This protein participates in a wide variety of cellular functions including lymphocyte activation, recirculation and homing, hematopoiesis, and tumor metastasis. Transcripts for this gene undergo complex alternative splicing that results in many functionally distinct isoforms, however, the full length nature of some of these variants has not been determined. Alternative splicing is the basis for the structural and functional diversity of this protein, and may be related to tumor metastasis. Splice variants of CD44 on colon cancer cells display sialofucosylated HCELL glycoforms that serve as P-, L-, and E-selectin ligands and fibrin, but not fibrinogen, receptors under hemodynamic flow conditions pertinent to the process of cancer metastasis. CD44 gene transcription is at least in part activated by beta-catenin and Wnt signalling (also linked to tumour development).

Clinical significance

The protein is a determinant for the Indian blood group system. ISBT 023

CD44, along with CD25, is used to track early T cell development in the thymus.

CD44 expression is an indicative marker for effector-memory T-cells. Memory cell proliferation (activation) can also be assayed in vitro with CFSE chemical tagging.

In addition, variations in CD44 are reported as cell surface markers for some breast and prostate cancer stem cells.^[15] and has been seen as an indicator of increased survival time in epithelial ovarian cancer patients.^[16]
Endometrial cells in women with endometriosis demonstrate increased expression of splice variants of CD44, and increased adherence to peritoneal cells.^[17]
CD44 variant isoforms are also relevant to the progression of head and neck squamous cell carcinoma.^[18]^[19]
Monoclonal antibodies against CD44 variants include bivatuzumab for v6.

Interactions

CD44 has been shown to interact with:

ARHGEF1,^[20]
fibrin and immobilized fibrinogen.^[13]^[14]
Fibronectin,^[21]
FYN,^[22]
Lck,^[22]^[23]
selectins,^[9]^[10]^[11] and
Src.^[24]

ISBT 023 Veriryhmä Indian. CD44 tekee myös interaktiota MMP proteinaaseihin

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22462102

2011;27(3):89-93.( Author: Xu Q¹.)The Indian blood group system.

ISBT 023, Indian veriryhmä.

Symboli IN. Geeni CD44. Sijainti Kr. 11p13.

The Indian blood group system.

Tiivistelmä

Indian veriryhmäjärjestelmä (ISBT 023) käsittää kaksi antiteettistä antigeeniä In(a) (IN1), joka on lähes 10 % arabiväestöistä ja 3%.ssa Bombayn intialaisista ja sen alleeli on antigeeni In (b) (IN2) ja sitä on suurella insidenssillä kaikissa väestöissä. Vuonna 2007 tunnsitettiin kaksi uutta kokrkean insidenssin antigeeniäå IN veriryhmästä, nimittäin IN3 (INFI) ja IN4 (INJA). Tämän systeemin antieenit sijaitsevat CD44:ssä, joka on kalvon kerran läpäisevä glykoproteiini ja sitä koodaa geeni CD44 kromosomsita 11 asemasta p13. CD44:n biologinen funktio on toimia leukosyyttein kotiutusreseptorina (leukocyte homing receptor) ja soluadheesiomolekyylina (CAM) .

Polymorfia In(a) ja In(b) edustaa 252G- C substituutiota CD44:ssä, mikä koodaa aminohappotasossa R46P ( arginiini 46 proliini ). ja IN3 ja IN4 puute johtuu CD44 geenin homotsygoottista mutaatiosta, josta koodautuu rakenneaminohappoja seuraavasti: H85Q ( histidiini 85 glutamiini) ja T163R ( threoniini 163 arginiini) .

Korkean esiintymistiheyden antigeeniä AnWj ei ole katsottu kuuluvaksi Indian veriryhmäjärjestelmään, mutta se sattuu joko sijaitsemaan CD44 isoformissa tai olemaan siihen läheisesti assosioituneena.

Abstract. The Indian blood group system (ISBT: IN/023) consists of two antithetical antigens: In(a) (IN1), which is present in approximately 10 percent of some Arab populations and in 3 percent of Bombay Indians, and its allelic antigen In(b) (IN2), an antigen of high incidence in all populations. In 2007, two new high-incidence antigens were identified as belonging to the IN blood group system, namely IN3 (INFI) and IN4 (INJA). The antigens in this system are located on CD44, a single-pass membrane glycoprotein that is encoded by the CD44 gene on chromosome 11 at position p13. The biologic function of CD44 is as a leukocyte homing receptor and cellular adhesion molecule. The In(a) and In(b) polymorphism represents a 252G>C substitution of CD44, encoding R46P, and lack of IN3 and IN4 results from homozygosity for mutations encoding H85Q and T163R in the CD44 gene. The high-frequency antigen AnWj (901009) has not been assigned to the Indian system, but either is located on an isoform of CD44 or is closely associated with it.

PMID:

22462102

[PubMed - indexed for MEDLINE]

CD44 molekyylistä: Tällä on useita tunnettuja nimiä.

LÄHDE: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/960

IN; LHR; MC56; MDU2; MDU3; MIC4; Pgp1; CDW44; CSPG8; HCELL; HUTCH-I; ECMR-III

Tiivistelmä: CD44 geenin koodaama proteiini on pintaglykoproteiini, joka osallistuu solu-solu (C-C ) interaktioihin , soluadheesioon ja migratioon. Se on hyaluronaanireseptori (HA reseptori) ja voi myös tehdä interaktion toisiin ligandeihin kuten osteopontiiniin, kollageeneihin ja matrixmetalloproteinaaseihin (MMPs). Tämä proteiini osallistuu laajalti solufunktioihin ja niihin kuuluu lymfosyyttien aktivoiminen, uudelleen kierrättäminen ja kohdentaminen, hematopoieesi ja tuumorin metastasoituminen. Tämän geenin transkriptit käyvät läpi monimutkaisen alternatiivin luennan, joka johtaa moniin funktionaalisesti selkeästi toisistaan erottuviin isoformeihin. Mutta näitten varianttien taustalla olevaa kokopituista luentaa ei ole määritetty. Vaihtoehtoisluenta on perustana rakenteelliselle ja funktionaaliselle diversiteetille tässä proteiinissa ja siinä saattaa olla korrelaatiota tuumorin metastasoitumiseen. Suomeksi 27.5. 2015

Summary The protein encoded by this gene is a cell-surface glycoprotein involved in cell-cell interactions, cell adhesion and migration. It is a receptor for hyaluronic acid (HA) and can also interact with other ligands, such as osteopontin, collagens, and matrix metalloproteinases (MMPs). This protein participates in a wide variety of cellular functions including lymphocyte activation, recirculation and homing, hematopoiesis, and tumor metastasis. Transcripts for this gene undergo complex alternative splicing that results in many functionally distinct isoforms, however, the full length nature of some of these variants has not been determined. Alternative splicing is the basis for the structural and functional diversity of this protein, and may be related to tumor metastasis. [provided by RefSeq, Jul 2008]

( ISBT 024 )Veriryhmtekijä OK EMMPRin indusoi matrixmetalloproteinaaseja

ISBT 024 , OK veriryhmä, Geeni BSG; CD147, EMMPRin ( indusoi MMP)

LÄHDE:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gv/rbc/xslcgi.fcgi?cmd=bgmut/systems_info&system=ok

Suomennosta 27.5. 2015 (Tämä on myös MMP blogissa)

Ok Blood Group System OK Gene locus - BSG (basigin)

Alleles

Johdanto. Ok^a antigeeni kuvattiin vuonna 1979 ja nimettiin potilaan perheen mukaan. OK veriryhmäjärjestelmä muokattiin 1999. Tähän mennessä on nollafenotyyppiä OK(a-) havaittu vain kahdeksasta japanilaissuvusta. Täten näyttää Ok^a antigeenin esiintymä maailmassa olevan lähes 100%. Tällä antigeenillä on monta tunnettua nimeä: Basigin (BSG), EMMPRin (extrasellulaaristen matixmetalloproteinaasien indusoija) , M6 leukosyyttiaktivaatioantigeeni ja CD147.

Linkki: High glykoforminen muoto indusoi mmp) http://www.spandidos-publications.com/or/32/3/1156

CD147 kuuluu immunoglobuliinien suurperheeseen (IgSF). Se on yhden kerran kalvon läpi menevä tyypin I glykoproteiini, jossa on 269 aminohappoa ja kolme mahdollista N-glykosylaatiokohtaa. Kypsä proteiini on 259 aminohappoa pitkä ja sen koko on 35- 60 Kd. Extrasellulaarinen domaani on 167 aminohappoa ja siinä sijaitsee kaksi immunoglobuliinin sukuista domaania. BSG- geeni on järjestäytynyt 7 exoniin, joiden yhteispituus on 1,8 kb.

Introduction. The Ok^a antigen was described in 1979 and named after the family of the patient. The OK blood group system was established in 1999. To date, the null phenotype (Ok(a-)) has been found in eight Japanese families only. Therefore the incidence of the Ok^a antigen in the world populations seems to be close to 100%. The antigen for the OK blood group system is known by several names: Basigin (BSG), EMMPRIN (extracellular matrix metalloprotein inducer), M6 leukocyte activation antigen, and CD147. It is a member of the immunoglobulin superfamily. It is a single pass type I glycoprotein, of 269 amino acids (predicted) with three potential N-glycosylation sites. The mature protein is 259 amino acids long and the size on SDS gels is 35-60 Kd . The extracellular domain, of 187 amino acids contains two immunoglobulin-related domains. The BSG gene is organized in 7 exons whose total length is 1.8kb.

Proteiinifunktiot. Arvellaan, että Basigin sitouduttuaan tuntemattomaan ligandiin tuumorin fibroblasteissa stimuloi kollagenaasin tuotantoa ja muita extrasellulaarisia MMP entsyymejä tehostaen solujen invaasiota ja metastasointeja.

Function of proteins. It is thought that Basigin upon binding to an unknown ligand on tumor fibroblasts, stimulates the production of collagenase and other extracellular matrix metalloproteinases, thereby enhancing cell invasion and metastases.

Kudosjakauma. Ilmenee alkiokudoksessa ja aikuiskudoksissa. Munuaiskuoren ja ytimen epiteelissä, haiman rauhassoluissa, ruokatorvessa, kohdunsuussa, kiveksessä, ihossa, sileässä lihaksessa, neuraalisissa soluissa, etuaivoissa, pikkuaivoissa.

Tissue distribution. Expressed in embryonic and adult tissues. Epithelium in kidney cortex and medulla, liver, acinar cells of the pancreas, trachea, cervix, testes, colon, skin, smooth muscle, neural cells, forebrain, cerebellum

Tautiliitymä. Granulosyyteissä kohoaa expressio reumassa ja reaktiivisessa artriitissa. Saattaa olla yhteyksiä tuumorien metastasoimiseen.

Disease association. Expression on granulocytes is increased in rheumatoid and reactive arthritis. May be involved in tumor metastases.

About the alleles The polymorphic forms of Basigin, the antigen of the OK blood group system, have been shown to occur in eight Japanese families, whose red cells exhibit the Ok(a-) phenotype. Mutations were established in DNA from three Japanese donors: two sisters and an unrelated individual (Spring et al.).

In the list of alleles, the sequence acc. no. L10240 is taken as reference (codon one for M starts at nt. 15); it is the sequence of Ok^a EMPIRIN (same as Basigin) mRNA.

Veriryhmän ISBT 025 Raph osuus MMP järjestelmässä. . CD151 aktivoi MMP kaskadia

http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/CD151ID967ch11p15.html

ISBT 025. Raph veriryhmäjärjestelmä. Geeni CD151. Kr. 11p15.5

LÄHDE: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gv/mhc/xslcgi.cgi?cmd=bgmut/systems_info&system=raph

Raph Blood Group System Symbol RAPH; Gene locus – CD151 Alleles

Johdanto. MER2 antigeeni määrittää Raph veriryhmäjärjestelmän. (2003). Tämä antigeeni sijaitsee CD151 glykoproteiinissa, joka kuuluu tetraspaniini-proteiinien superperheeseen (TM4SP). Tetraspaniini- nimi tulee siitä, että proteiineilla on neljä konservoitua transmembraanista (TM) jaksoa rakenteessaan. Proteiinia luonnehdittiin ensiksi trombosyyttipinnoista (GP27), mutta nykyisellään sitä on havaittu laajasti eri kudoksista ja myös punasolupinnoista. Se on adheesiomolekyyli. Kts kuva. http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/CD151ID967ch11p15.html

Introduction. MER2 antigen defines the Raph blood group system. As shown recently by Crew et al. (Blood, 2003, 102, p4a) the antigen is located on CD151 glycoprotein which is a member of the four-transmembrane (TM4SF, tetraspanins) superfamily of proteins (show four conserved transmembrane domains). The protein was first characterized on platelet surface (GP27) but, has now been shown to have a wide tissue distribution and is also expressed on the surface of erythrocytes. It is an adhesion molecule.

Geenit. Geeni kromosomissa 11p15.5 on järjestäytynyt 8 exoniin ja on kooltaan 4.3 kb. Exonit 2-8 koodaavat proteiinin.

The genes. The gene on chromosome 11p15.5 is organized in 8 exons and spans 4.3 kb; exons 2-8 encode the protein.

Proteiinien funktio. Tämä proteiini tekee interaktion integriineihin ja laminiiniin osallistuessaan soluadheesioon, proliferaatioon ja erilaistumiseen. Se saattaa osallistua munuaisglomeruluksen ja glomerulaarisen peruskalvon rakenteeseen ja kehitykseen. Syöpäsoluissa tämä proteiini lisää motiliteettia, invaasiota ja metastasointia.(Osuus eri syövissä ja liittymä MMP järjestelmään ( Kirjoitan tästä enemmän MMP blogiin myöhemmin suomennosta, joka on mainittu linkissä http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/CD151ID967ch11p15.html )

Function of proteins. Interacts with alpha-beta integrins and laminin participating in cell adhesion, proliferation and differentiation; may be involved in the structure and development of the glomerulus and the glomerular basement membrane in man. In cancer cells enhances cell motility, invasion and metastasis.

Kudosjakauma. Proteiinia ilmenee monissa kudoksissa kuten epiteelissä, endoteelissä, lihaksessa, munuaiskeräsissä ja munuaistiehyeissä, Schwannin soluissa ja dendriittisoluissa,, fibroblasteissa ja muissa solulinjoissa.

Tissue distribution. Expressed in many tissues including epithelium, endothelium, muscle, renal glomeruli and tubules, Schwann and dendritic cells; fibroblasts and other cell lines.

Tautiliittymä. Eräillä yksilöillä keho ei pysty ilmentämään täyspituista CD151 proteiinia ja heillä on havaittu glomerulonefriittiä ja munuaisentoiminnan häiriötä.

Disease association. Failure to express full lenght CD151 was shown to be associated in some individuals with glomeluralonephritis and renal failure (Crew et al., Blood, 2004 104 2217-2223).

Alleeleista. Raph veriryhmä määräytyy yhdestä antigeenista MER2 . Sen kantajaproteiini CD 151 tunnisettiin vuonna 2003 ja sitä on useimmilla ihmisillä. Jos tämä on mutatoitunut proteiini, yksilöt ovat MER2 negatiivisia. Heillä voi esiintyä munuaisen toiminnan vajautta ja progressiisivtä kuuroutta, koska myös simpukassa on samantapaisia erikoisia "verisuoniglomeruluksia" kuin munuaisissa joiden glomerulusen peruskalvossa CD151 on tärkeä.)

About the alleles The Raph blood group system is defined by a single antigen MER2, first recognized by a monoclonal antibody MER2. The antigen is expressed on erythrocytes of about 92% of Caucasians but the level of expression of MER2 varies among individuals; the remaining 8% of individuals are MER2 negative.

Crew et al. (Blood, 2003, 102, p4a) identified CD151 as the protein that carries the MER2 antigen. Sequencing of CD151 gene in four MER2 negative individuals who produced alloanti-MER2, identified specific mutations, one of which, resulting in a frameshift and truncation of the protein, occurred in three patients with renal failure. In the list of alleles the sequence acc. no. BT007397 is taken as reference.

Metalloproteinaasit

Etiketter

måndag 28 september 2015

Hakusana Ebola And Extracellular Matrix

Search results

Items: 7

Olennaista on kuvata ECM funktiota puhuttaessa matrixmetalloproteinaaseista