Etiketter

måndag 28 september 2015

Hakusana Ebola And Extracellular Matrix

7 vastausta
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Ebola+and+extracellular+matrix

Search results

Items: 7

1.
Veljkovic V, Glisic S, Muller CP, Scotch M, Branch DR, Perovic VR, Sencanski M, Veljkovic N, Colombatti A.
Front Microbiol. 2015 Feb 19;6:135. doi: 10.3389/fmicb.2015.00135. eCollection 2015.
2.
Yasuda J.
Front Microbiol. 2012 Apr 2;3:111. doi: 10.3389/fmicb.2012.00111. eCollection 2012.
3.
Francica JR, Matukonis MK, Bates P.
Virology. 2009 Jan 20;383(2):237-47. doi: 10.1016/j.virol.2008.10.029. Epub 2008 Nov 14.
4.
5.
Barrientos LG, Rollin PE.
Virology. 2007 Feb 5;358(1):1-9. Epub 2006 Sep 18.
6.
Silvertown JD, Walia JS, Summerlee AJ, Medin JA.
Endocrinology. 2006 Aug;147(8):3797-808. Epub 2006 May 18.
PMID:
16709614
7.
Simmons G, Wool-Lewis RJ, Baribaud F, Netter RC, Bates P.
J Virol. 2002 Mar;76(5):2518-28.

Olennaista on kuvata ECM funktiota puhuttaessa matrixmetalloproteinaaseista

Lähde: Horst Ibelgaufts. ECM. In: Dictionary of Cytokines (1995) S. 206- 209. 
Koetan sitaatin sijasta kirjoittaa suomeksi katsomatta  muitten suomennoksia aluksi.

EXTRASELLULAARINEN MATRIX on kompleksinen verkosto erilaisin kombinaatioin osallistuvia kollageeneja, proteoglykaaneja (PG), hyaluronihappoa, laminiinia, fibronektiiniä ja monia muita glykoproteiineja (gp) sekä proteolyyttisiä entsyymejä, joiden tehtävänä on hajoittaa ja uudismuokata extrasellulaarista matrixia. Nämä viimeksimainitut ovat  metalloproteinaaseja ja  niiden estäjästä TIMP on juuri edellä kerrottu. 

EXTRASELLULAARINEN MATRIX sijaitsee siinä tilavuudessa, mikä on  solujen välissä. Monet extrasellulaarisen matrixin komponentit ovat liittyneet sytoskeletoniin ( solun tukirankaan) sellaisten proteiinien välityksellä, joitten rakenteessa   on solukalvon läpäisevä, transmembraaninen osa (TM- jakso). 

EXTRASELLULAARINEN MATRIX on enemmän kuin vain telinerakennelma, joka täyttää soluvälitilaa.  Moni sen komponenteista työkseen osallistuu sellaisiin prosesseihin, jotka välittävät solujen keskeistä vuorovaikutusta.

Intakti, hyvässä kunnossa pysyvä,  vaurioitumaton EXTRASELLULAARINEN MATRIX on monessa tapauksessa  edellytyksenä  solun kyvylle  proliferoitua, erilaistua ja ilmentää  erikoisfunktiota  ( Esimerkkinä hematopoiesis, verisolujen muodostus).

EXTRASELLULAARISEN MATRIXIN eräät komponentit, varsinkin  proteoglykaanit (PG), toimivat kasvutekijöiden biologisen aktiivisuuden modulaattoreina

EXTRASELLULAARISEN miljöön kokoomuksen järjestäytyminen ja fysikaaliset ominaisuudet  ovat myös välttämättömiä suonen sisäpinnan endoteelin solunfunktioille angiogeneesiprosessissa ( kts. Angiogeneesin faktorit)

Proteoglykaanit (PG) ovat glykosaminoglykaaneilla (GAG) modifioituja  proteiineja . Glykosaminoglykaanit (GAG) ovat pitkäketjuisia yhdisteitä, joissa on toistuvia disakkaridiyksiköitä. Niitä on neljä päätyyppiä:   hepariinisulfaattia (hepariini), kondroitiinisulfaattia  (dermataani), kerataanisulfaattia ja sulfaattia sisältämätöntä glykosaminoglykaania, hyaluronihappoa. Moni proteoglykaani sisältää ydinrakenteessa  proteiinin, joka linkkii niitä solukalvoon. Hyaluronihappo on ainoa extrasellulaarinen oligosakkaridi, joka ei ole liittynyt  kovalentisti proteiiniin 

Glykosaminoglykaanit (GAG) ovat negatiivisesti varautuneita yhdisteitä ja sen takia ne sitoutuvat epäspesifisesti moniin aineisiin kuten kasvutekijöihin.  Eräät proteiinit tekevät interaktioita erityisesti glykosaminoglykaanien (GAG) kanssa.   Solujen välisen kommunikaation yhtenä tärkeänä  taustamekanismina on glykosaminoglykaanien (GAG) ja sytokiinien  keskinäiset vaikutukset,  interaktiot, joita välittää erittyneet ja paikallisesti vaikuttavat tekijät. 

 Vielä 1995 ei osattu sanoa, millä mekanismilla kasvutekijät tunnistavat glykosaminoglykaaneja (GAG).  Arveltiin, että  tähän tarvitaan alfa-helix-muotoisen positiivisen varauksen omaava proteiinidomeeni, joka toimii  saman kaltaisesti kuten hepariinia sitovat kohdat.  ( Kts. myös HBGF, heparin- binding growth factor).

Heparaanisulfaattiproteoglykaani (HSPG), erityisesti syndekaani, sitoutuu bFGF kasvutekijään matalalla affiniteetilla ja estää tämän tekijän hajoittumisen.  Samalla tämä  luo matrixiin ja solupintaan liittyvän  reservoaarin (varaston tätä kasvutekijää ), josta  tekijää voi vapautua joko hepariinilla tai entsyymeillä, jotka ovat erityisesti  heparaanisulfaattiin kohdistuvia ( heparanaasit). 

Plasmiini voi vapauttaa matrixiin sitoutunutta bFGF tekijää    ei-kovalenttina heparaanisulfaattikompleksina tai GAG -kompleksina.  Osa  solupinnan HSPG:stä on ankkuroituneena kovalentisti linkkiytyneen GPI-tähteen  avulla  ja voidaan vapauttaa käsittelemällä spesifisellä fosfolipaasilla C  (PLC). Jokin fraktio liittynyttä bFGF tekijää vapautuu myös sillä käsittelyllä. 
Sen plasminogeenin, jota esiintyy EXTRASELLULAARISESSA MATRIXISSA, arvellaan osallistuvan TGF-beta:n  latenttien muotojen aktivoimiseen. 

Samalla tavalla kuin HSPG tai heparaani  kiinnittyvät MATRIXIIN , niin siihen voi kiinnittyä muitakin tekijöitä kuten GM-CSF (granulosyytti-makrofagikolonisaatioita stimuloiva tekijä), IL3 (interleukiini3), kantasolun inhibiittori SCI, LIF (valkosolumigraatiota estävä tekijä) , IFN-gamma (interferoni gamma), PF4  (verihiutaletekijä 4) ja AR, amfireguliini. On osoitettu,, että TGF-beta sitoutuu proteoglykaani betaan (PG beta) ja dekoriiniin.
bFGF - ja myös VEGF- kasvutekijöistä on osoitettu, että ne sitoutuvat   spesifisiin (korkean aff.) solupintareseptoreihinsa vain  jos ne ovat liittyneenä  vapaaseen  HSPG:hen tai EXTRASELLULAARIMATRIXIIN sitoutuneeseen heparaanisulfaattiproteoglykaaniin  tai muihun   hepariinin kaltaisiin komponentteihin.
(VEGF on vaskulaarinen endoteliaalinen solun kasvutekijä, verisuonen sisäpinnan  kasvutekijä).

MATRIXIIN-sitoutuneitten tekijöitten ilmentäminen  saattaa olla yhtenä  mekanismina, jolla jotkut tekijät tekevät interaktionsa toisen  lähellä olevan  solun reseptoreihin.  Tämä  saa rakentumaan tehokkaita solu-solu-kontakteja ja saattaa myös aiheuttaa viereisissä  soluissa biologisia aktiviteettejä.
 

Kirjastopäivä. saan lisätietoa TIMP- entsyymeistä vuoden 1995 kirjasta

Kirjastossa oli poistokirjojen myyntipäivä viimeviikolla ja havaitsin joukossa sytokiineista paksun opuksen vanhalta ajalta 1995.

Horst Ibelgaufts. Dictionary of Cytokines. VCH, 1995. Weinheim. Germany. New York. Basel. Cambridge. Tokyo.ISBN 3-5277-30042-2.
Sivuja on 777.
Asiat on ryhmitelty sisällysluetelon mukaan täten:
How tu use this dictionnary,  XV
Abbreviation,s XVI
Amino acids one and three letter codes,  XVI
Journal citation,s XVII
Introduction, XIX
Entries with number prefixes , 1
A-Z, 12- 761
Addendum, 762. 

Mitä löydän sellaista, mikä koskee matrixmetalloproteiineja?
  • TIMP, tissue inhibitor of metalloproteases.(Sitaatti engl. ss 705-706)

 Metalloproteinases of the extracellular matrix ( See: ECM). are  a family of secreted proteolytic enzymes that are involved in the biosynthesis of connective tissue.
The synthesis and secretion of matrix metalloproteinases (MMPs) is induced in various cell types by a number of cytokines including EGF, PDGF, IL1, IL8, IL1beta, TNFalfa and bFGF.
Metallloproteinases degrade constituents of the basal membrane and the extracellular matrix, including collagens, proteoglycans, gelatin, fibronectin, laminin, and elastin, under physiological and pathological conditions. The activities of these enzymes also facilitate the invasive migration of cells.

The biological activities of the proteases is subject to a complex regulation also involving specific inhibitors, called TIMP (tissue inhibitor of metalloproteinases). Many proforms of these metalloproteinases form complexes with these inhibitors. TIMP is a major regulator of extracellular matrix synthesis and degradation.
The two inhibitors are called TIMP-1 and TIMP-2. TIMP-1 is a protein of 28 kDa, TIMP-2 of 21 kDa. TIMP-1 and TIMP--2 exhibit and overall similarity of   71% at the protein level
TIMP-1 is also the same as HCI, human collagenase inhibitor.

The murine 3/10 gene is the homologue of human TIMP-2.
mTIMP ja hTIMP2 display 96% homology at protein level. Homology between mTIMP1 and mTIMP2 is 42%. TIMP-1 gene lies within intron 6 (out of 13) of the X-linked synapsin 1(synapsin 1) gene in both man (Xp11.1-p11.4) and mouse.  It is transcribed in the opposite direction to the SYN1 gene in the mouse.

The disruption of the TIMP-1 gene in a pluripotent embryonic stem cells increase the invasive properties of these cells in an in vitro assay. The introduction of TIMP-1 gene into invasively growing melanoma cells (B16-F10) leads to the overproduction of this inhibitor and suppresses invasive growth. Apart from their biological activities as inhibitors of metalloproteinases TIMP-1 and TIMP-2 also function as growth factors for many human and murine cell types.

TIMP-2 inhibits the activities of transin, matrin (pump-1), 72kDa gelatinase/type IV collagenase (MMP-2), matrix metalloproteinase), and interstitial colalgenase. TIMP-2 regulates not only the activity of the mature enzyme but also the autolytic processing of the proenzyme. TIMP-2 has recently ( = 1995) been found to be secreted by mouse folliculo-stellate cell. It acts as a cell survival factor for endocrine cells in the anterior pituitary gland. 

Both inhibitors also influence the capacity of erythroid progenitor cells to grow as colonies in soft agar (See also: Colony formation assay).
 
TIMPs are identical with EPA ( erythroid promoting activity)

(Olipas tässä vanhassa uutta, sano) 
  • Huomaan myös että suomalainen Alitalo R et al.  on referensseissä mukana artikkelilla: 
Metalloproteinases and jun/fos transcription factor complex characterize tumor promoting-induced megakaryoblastic differentiation of K562 leukemnia cells.  Blood 75: 1974-82 (1990)

  • Kun tästä lähden etsimään missä on  uusimpia R Alitalo et al. ryhmän tekstejä päädyn mm tähän:
Vuonna  2008 on Springer Science kirja olemassa:
CANCER DEGRADOME. Proteases and Cancer Biology.

Siis TIMP on hahmotettu tässä syövän  degradomissakin,  joka on lähisuhteissa  rheologisen alueen  kaskadiin ( plasmiinijohdannaislinkin kautta)  ja ylläolevasta  näkyy,myös itseensä  hematopoieesiin ( bifunktionaalisesti  vaikuttaen hematopoieesin mikromiljööseen)   --   matrixin muuttumissäätelyn lisäksi.

Nämä hematopoieesivaikutukset täytyy ottaa erikseen Kirjan sivulla  706 on lähteitä.

  • TIMP-3
TIMP-3 mainitaan  vuoden 1995 kirjan liitteessä. Se liitettiin TIMP-perheeseen   vuodesta 1994.  Silbiger  SM et al. olivat juuri silloin  saaneet kloonatuksi   ihmisen TIMP-3. Sen edeltäjäproteiini sisältää  12 Cys ja 27 muuta aminohappoa, jotka ovat  muuttumattomia  TIMP- perheessä. TIMP-3:n  oletettu aminohapposekvenssi   89%, 39% ja 46%:ssa  identtinen   ChIMP-3, ihmisen  TIMP-1 ja ihmisen TIMP-2:n vastaavan sekvenssin kanssa.